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maxplanck-ie · Aug 3, 2023 · 173bcc0 · 173bcc0
1 parent f3ba376
commit 173bcc0
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diff --git a/snakePipes/workflows/ATAC-seq/Snakefile b/snakePipes/workflows/ATAC-seq/Snakefile
@@ -155,7 +155,7 @@ onstart:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_ATAC_ENV, CONDA_RMD_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, workingdir, "ATAC-seq", maindir)
     if sampleSheet:
-        cf.copySampleSheet(sampleSheet,wdir)
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/ChIP-seq/Snakefile b/snakePipes/workflows/ChIP-seq/Snakefile
@@ -211,7 +211,7 @@ onstart:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_CHIPSEQ_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, workingdir, "ChIP-seq", maindir)
     if sampleSheet:
-        cf.copySampleSheet(sampleSheet,wdir)
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 
 ### main rule ##################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/HiC/Snakefile b/snakePipes/workflows/HiC/Snakefile
@@ -135,7 +135,7 @@ onstart:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_HIC_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, outdir, "HiC", maindir)
     if sampleSheet:
-        cf.copySampleSheet(sampleSheet,wdir)
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/WGBS/Snakefile b/snakePipes/workflows/WGBS/Snakefile
@@ -160,7 +160,7 @@ onstart:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_WGBS_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, outdir, pipeline, maindir)
     if sampleSheet:
-        cf.copySampleSheet(sampleSheet,wdir)
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/mRNA-seq/Snakefile b/snakePipes/workflows/mRNA-seq/Snakefile
@@ -344,7 +344,7 @@ onstart:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_RNASEQ_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, outdir, "mRNA-seq", maindir)
     if sampleSheet:
-        cf.copySampleSheet(sampleSheet,wdir)
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/noncoding-RNA-seq/Snakefile b/snakePipes/workflows/noncoding-RNA-seq/Snakefile
@@ -146,7 +146,7 @@ onstart:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_NONCODING_RNASEQ_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, outdir, "noncoding-RNA-seq", maindir)
     if sampleSheet:
-        cf.copySampleSheet(sampleSheet,wdir)
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################